如何处理工程款中的垫付费用，可以直接扣除吗

不能直接扣除垫付费用，需依合同约定处理。依据《合同法》、《建筑法》，工程款支付受法律原则及合同约束，擅自扣除可能引发法律纠纷，影响合作关系及项目进展。
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处理垫付费用应首先依据合同条款。若合同未明确，可协商或诉讼解决。选择方式时，应考虑效率、成本及双方关系，优先协商，协商不成再诉诸法律。
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垫付费用需依约处理。具体操作：1.查阅合同条款，明确垫付费用处理方式；2.若合同未规定，与对方协商达成一致；3.协商无果，可准备证据，通过法律途径解决，如起诉或仲裁。