交通事故赔偿协议已和保险公司商定，该如何处

肇事车主不配合签字不影响保险理赔。依据《中华人民共和国道路交通安全法》，车险理赔是保险人与被保险人之间的约定，第三者签字与否不影响理赔。若不及时处理，可能导致赔偿延迟，影响伤者权益。
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车主不签字可这样处理：1.与车主协商，明确其不签字原因，尝试达成共识；2.若协商不成，向交警部门申请出具事故认定书，作为赔偿依据；3.根据事故认定书，若车主仍不配合，可准备相关证据，依法向法院提起诉讼，要求履行赔偿协议。
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处理此问题可协商或诉讼。建议先尝试与肇事车主进一步协商，明确赔偿细节。若协商无果，则考虑通过法律途径解决，确保权益得到保障。